公司补税的处理方法如下：明确补税要求查阅税务稽查部门发出的《税务处理决定书》或《税务行政处罚决定书》等正式文件，明确补税的具体金额、税种及账目问题。整理必要文件与资料准备所有相关决定书和通知。保留公司营业执照、税务登记证等证照复印件（若可用）。提供历史财务报表、纳税申报表及与补税相关的账目记录。准备

年底需要结转的科目主要包括以下几类：收入类科目主营业务收入其他业务收入营业外收入等这些科目需要结转至“本年利润”科目。成本费用类科目主营业务成本其他业务成本管理费用销售费用财务费用营业外支出等这些科目也需要结转至“本年利润”科目。资产类科目存货固定资产需要进行年末盘点和清查，核对账实相符，并根据需要